Es maya-k’iche’ de Quetzaltenango. Estudió en el Instituto Normal para señoritas de Occidente, INSO, donde se graduó de maestra.  Posteriormente se trasladó a la capital, obteniendo el título de periodista profesional.  Cursó una licenciatura en Ciencias de la Comunicación en la Universidad de San Carlos de Guatemala. En 1997, fue la primera indígena en ganar una beca Fulbright.  En el 2000 obtuvo una maestría en Antropología Social y en el 2005 se doctoró como antropóloga  en la Universidad de Texas en  Austin, Estados Unidos.   Sus estudios en el extranjero los realizó con 15 becas que obtuvo en instituciones académicas y universidades de los Estados Unidos.

Como periodista obtuvo reconocimientos y premios nacionales. Su tesis de maestría obtuvo el segundo lugar en el departamento de Antropología de la Universidad de Texas.  Es autora de los  libros: Pueblos indígenas, estado y  lucha por tierra en Guatemala: Estrategias de sobrevivencia y negociación ante la desigualdad globalizada, publicado por AVANCSO en 2008  y  La pequeña burguesía indígena comercial de Guatemala: Desigualdades de clase, raza y género, publicado por SERJUS y AVANCSO en 2002. Ha publicado artículos en libros y revistas académicas. Sus trabajos investigativos y periodísticos se enfocan  en documentar cómo las múltiples opresiones estructurales se traslapan y colocan a los pueblos pero especialmente a las mujeres indígenas en la última posición de la jerarquía racial que prevalece en los estados latinoamericanos.    Otra de sus áreas de trabajo es el histórico despojo  de la tierra y los territorios de las poblaciones indígenas.

En junio de 2002 colocó la primera denuncia contra una de las empresas de la Cervecería Nacional por racismo y discriminación luego que le impidieran el ingreso a una taberna en la capital por vestir su indumentaria regional. Finalmente, junto a un colectivo de organizaciones mayas lograron que el Congreso de la República aprobara una Ley general Contra la Discriminación en septiembre de ese año.    En 2008, junto a Peter Marchetti estableció en AVANCSO la Beca para Jóvenes Indígenas.  Ese mismo año, una de las siete salas del Centro Cultural Casa Noj de Quetzaltenango fue denominada Irma Alicia Velásquez Nimatuj.

Una de sus recientes investigaciones fue sobre la esclavitud doméstica y sexual que el ejército ejecutó contra mujeres q’eqchi’  en comunidades de Sepur Zarco, Izabal de 1982 a 1988.  Además ha servido como perita en juicios por justicia transicional que sobrevivientes y organizaciones de Derechos Humanos impulsan en los tribunales nacionales y también ha realizado peritajes para cortes estadounidenses.

Como periodista trabajó para Prensa Libre, El Industrial y El Quetzalteco.  Desde el 2003 es columnista semanal del diario elPeriódico.  Fue Directora Ejecutiva del Mecanismo de  Pueblos Indígenas Oxlajuj Tz’ikin, donde  acompañó procesos de incidencia política que  organizaciones indígenas ejecutaban en instancias del estado de 2005-2013.  De 2014 a 2015 fue asesora de género y pueblos indígenas para la oficina de ONU Mujeres de América Latina y el Caribe.

En 2016 ganó un Tinker Visiting Professor en el Instituto de Estudios Latinoamericanos Teresa Lozano Long en la Universidad de Texas en Austin, en 2017 obtuvo el Mellon Visiting Professor en el Centro de Estudios Latino Americanos y del Caribe de la Universidad de Duke y para el 2018-2019 recibió el Craig M. Cogut Visiting Professor en el Centro de Estudios Latinoamericanos y el Caribe en la Universidad de Brown.  En 2015 la sección Centroamericana de la Asociación  de Estudios Latinoamericanos (LASA) dedicó una de sus mesas a su trabajo académico y de acompañamiento político a los pueblos indígenas.  En 2017 junto a un colectivo de mujeres académicas obtuvo mención honorífica en el primer premio de investigación de CLACSO dedicado a la defensora lenca Berta Cáceres, asesinada en 2016.

Ha participado en documentales que retratan la resistencia y los desafíos que los mayas actuales enfrentan dentro de un país que ha pesar de ser la mayoría poblacional han sido reducido a minoría política. El más reciente “500 Años. Vida en resistencia”, de la cineasta Pamela Yates.